Lo primero que debes tener en cuenta para mejorar tu equipamiento y la nave es la cantidad de huecos que tiene cada uno.
Uno de los principales problemas en las primeras horas de No Man's Sky es lo pequeño que es el inventario de nuestra mochila. Para aumentar el tamaño de la mochila habrá que ir a los símbolos ? que veremos en cada uno de los mapas y con un poco de suerte en algunos de ellos veremos una solitaria capsula en la que podemos entrar para mejorar la mochila. En cada una de estas capsulas solo podemos añadir un hueco a la mochila y cada vez que añadimos un hueco el siguiente será más caro.

Los huecos en las armas sirven para rellenarlos con mejoras de aumento de daño, lanzamiento de granadas, mejora de extracción de materiales y otros tipos de disparo.
Los huecos en las naves se usan como inventario y también para añadir mejoras para aumentar el escudo de la nave, la velocidad y los tipos de ataque.
Hay que tener en cuenta que para mejorar las armas y las naves primero habrá que conseguir planos de mejora. Estos planos se consiguen explorando estructuras en los planetas y también como recompensa al hablar con personas o completar pruebas en las estructuras alienígenas.

Todas las mejoras de No Man's Sky tienen varios niveles. Cada una de ellas requiere cierta cantidad de materiales para instalarla y obviamente las mejores son más caras que las versiones inferiores. Los niveles de las mejoras se llaman de peor a mejor Sigma, Tau, Theta y Omega.
Finalmente ten en cuenta que cuando le pones una mejora a cualquier equipamiento o a la nave y luego se la quieres quitar la perderás para siempre y no recuperarás los materiales que te costó ponérsela.