La historia de NieR Replicant comenzará sin darnos demasiadas explicaciones. Esta primera parte consiste en un tutorial de combate, donde te enseñarán a golpear, defenderte y usar magias. Ve siguiendo las instrucciones que aparecen en pantalla para ir derrotando a todas las Sombras que aparezcan.
Tras un rato, aparecerá un jefe, aunque no es mas que otra Sombra algo más grande que las demás.
Debes tener en cuenta que cuando aparezca el indicador al agotar su vida, lo que debes hacer es atacar a su cabeza para poner fin al combate.
Después de derrotar al jefe, entra de nuevo al edificio y ve al fondo para ver una secuencia. Tras ello, un cambio de escenario. Nos toca conocer la Aldea de Nier.