Al ir a aterrizar en la Ciudadela enseguida comprobarás que algo no marcha bien y por tanto deberás aterrizar en Seg-C ya que las tropas de Cerberus han tomado la Ciudadela.
Al aterrizar ocúpate lo primero de los generadores de escudos y luego de las tropas de Cerberus, principalmente de los ingenieros y habla finalmente con el oficial Bailey. Te dirá que debes de proteger al consejo y llegar hasta la oficina del ejecutor.
Avanza matando a Guardianes y sus siempre molestos escudos de combate y seguidamente contra centuriones y más guardianes y por el camino recoge mejora para rifle de asalto, pieza de armadura, botiquines y créditos y dispara al dispositivo para dejar a la vista el interruptor para abrir la puerta del ascensor.
Súbete en él y al llegar a la planta de arriba coge las diversas mejoras que encontrarás en esa estancia, incluyendo dos nuevas armas, la Hornet M-25 y la Talon M-358 (para esta tendrás que activar un ordenador que está al fondo de la estancia para abrir la puerta)
Sigue avanzando para tener un nuevo encuentro con las tropas de Cerberus, salvar a la consejera Salariana y conocer a un enemigo que te dará más de un quebradero de cabeza a partir de ahora; Kai Leng. A partir de aquí se activan una serie de cinemáticas y la acción de reanuda en las Zonas públicas del Presidium.
Dedícate a ir limpiando la zona de enemigos hasta que te enfrentes a 2 nuevos enemigos; Nemesis y Fantasmas. Ambos son bastante peligrosos pero por diferentes motivos; los fantasmas son mortales de necesidad a corta distancia, son rapidísimos, buscan coberturas y debes de evitar a toda costa que lleguen a tu posición y te ataquen cuerpo a cuerpo.
Los Némesis por el contrario son letales a larga distancia, ya que van equipados con un rifle de francotirador que tiene un ataque concentrado muy poderoso. Aun así la prioridad debería de ser acabar con los Fantasmas desde lejos antes de que lleguen a tus posiciones y si lo hacen, cambia rápidamente a la escopeta para acabar con ellos cuanto antes.
Sigue avanzando hacia la Shalmar Plaza y acaba con un Atlas que a estas alturas de juego y más aún después de haber conocido a los fantasmas debería de ser un enemigo fácil de batir para ti.
Posteriormente deberás montarte en el techo de un ascensor e ir eliminando a los enemigos que te vayan apareciendo, principalmente los molestos fantasmas. Si eres lo suficientemente hábil como para acertar a los fusibles de los ascensores que vayan apareciendo con la suficiente rapidez, harás que caigan al vacío los ascensores sin dar tiempo a los enemigos a encararte.
Finalmente llega arriba y disfruta de las cinemáticas con Udina, Ashley y el resto del Consejo y negocia la situación según quieras seguir el camino de la virtud o de la rebeldía.
Al terminar esta misión la Ciudadela estará de nuevo a tu disposición con toneladas de nuevas misiones secundarias y de vuelta a la Normandía podrás reclutar a Ashley Williams, al hablar con Liara se activará una nueva secundaria "Mesana: señal de emergencia".
Por otro lado la misión principal se transformará en "Prioridad: el Velo de Perseo".
Traynor te dará otra misión secundaria "Arrae: antiguos científicos de Cerberus" y la doctora Chawkas te dará otra, "Ciudadela: suministros médicos". Acuérdate también de leer tus correos electrónicos para comprobar que has recibido un correo que activará otra secundaria de la Ciudadela: "Ciudadela: embajador Volus".
Hablar con SID te proporcionará un recurso bélico y por otro lado desde tu habitación podrás llamar a hablar a Traynor, Diane Allers (te da recurso bélico) y a James (te da mejora médica).
