Al completar el Modo Historia accedemos a un final, pero hay dos más dependiendo de las misiones Most Wanted que completemos, a partir de 7 podemos activar el Protocolo caída del Murciélago, y si completamos todas las misiones accedemos a un segundo final, este requiere tener los 243 coleccionables recogidos y la lucha final contra Enigma.
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Para activar el Protocolo Caída del Murciélago hay que dirigirse a la Batseñal en el tejado de la Comisaría en Bleake Island.
Final 1: El normal al terminar el juego.
Final 2: Activando el protocolo caída del murciélago tras completar al menos 7 misiones de Más Buscados.
Final 3: Consiguiendo los 243 coleccionables y venciendo a enigma en la lucha final.
