La recogida de las piezas del submarino no contribuye a sacar el 100% del juego, pero sí a completar las misiones de Abigail, de Extraños y locos (consulta la sección de la guía correspondiente para más detalles). Hay 30 en total.
Lo primero que tienes que hacer es comprar el muelle de búsquedas con sónar, una propiedad al suroeste de Paleto Bay, disponible tras completar la misión principal "El golpe a Merryweather". Su precio es de 250.000$. Por cada pieza de submarino recibirás 10$, pero puedes explorar por los alrededores de cada una para encontrar grandes botines de armas, blindaje y dinero.
Al hablar con Abigail por primera vez, el muelle incorporará una lancha con sónar. Puedes subirte a ella con Michael para rastrear el mar en busca de las piezas del submarino, que aparecen indicadas con ondas en el radar. Cuando ya estés sobre una, salta de la lancha y Michael se pondrá automáticamente el equipo de buceo. Sumérgete pulsando RB (Xbox 360) o R1 (PlayStation 3).
¡Cuidado con los tiburones! Aparecerán como iconos rojos en el radar, aunque no deberían atacarte si no les provocas. Si esto sucediera, dispara desde una embarcación o saca un cuchillo.