La recogida de desperdicios nucleares no contribuye a sacar el 100% del juego, pero son una buena fuente de ingresos, pues ganarás 23.000$ por cada desperdicio recogido.
Lo primero que tienes que hacer es comprar el muelle de búsquedas con sónar, una propiedad al suroeste de Paleto Bay, disponible tras completar la misión principal "El golpe a Merryweather". Su precio es de 250.000$ y se puede adquirir con todos los personajes.
Al 11º desperdicio ya habrás recuperado la inversión, así que vale mucho la pena. Al comprarlo obtendrás un submarino y la aplicación de móvil Trackify, que te señalará el barril más cercano a tu posición.
Una vez te sumerjas en una zona donde haya desperdicios, no te será muy complicado dar con el objetivo. La mayoría se encuentran en el fondo marino, aunque hay algunos que están en otras profundidades. En este caso, asciende y desciende con el indicador rojo en el centro del radar para dar con él.
El submarino aguanta una profundidad de hasta 148 metros bajo el mar. En caso de que se dañe, vuelve al muelle para conseguir otro. También te puede pasar que quites el Trackify sin querer de pantalla. Esto es porque has guardado el teléfono. Vuélvelo a sacar con el botón indicado y abre la aplicación en el menú.