Ghost of Tsushima nos presenta la historia de Jin Sakai, heredero de la familia Sakai. Los mongoles han mandado una avanzadilla para que su ejército conquiste Japón, empezando por la isla de Tsushima. Tras un desgraciado incidente con el líder enemigo, nuestro protagonista tendrá que buscar nuevos aliados y renunciar al bushido si quiere hacer frente a un rival nunca visto.
La historia de Ghost of Tsushima se divide en tres Actos (además de un Prólogo):
Prólogo: Jin acude con el señor Shimura a la batalla contra los mongoles.
Acto I: rescata al señor Shimura: el primer paso para recuperar la isla será reconquistar la región de Izuhara y salvar de su cautiverio a nuestro señor.
Acto II: recupera el Castillo Shimura: los mongoles huyen de Izuhara, pero siguen teniendo el control del castillo del señor Shimura.
