Cuando recuperes el control estarás en la Batcueva. Ve hacia el ordenador para repararlo y activa la visión de detective. Al bajar las escaleras verás a Alfred en lo más hondo de la Batcueva. Planea hasta su posición y pulsa repetidamente el botón indicado para retirar los escombros. Tras la breve alucinación, utiliza los guantes eléctricos para reanimarlo.
Después de la escena de vídeo, aparecerás en la cárcel Blackgate. Elimina al primer grupo de presos, tras la valla, y luego entra por la tapa de alcantarilla. Avanza hasta llegar a una intersección, cuyo suelo se derrumbará tras hacerlo detonar con gel explosivo. Tírate por el hueco y usa la batgarra para acceder a un túnel superior. Saca el garfio teledirigido y forma una tirolina por la que pasar al otro lado.
De nuevo, forma una tirolina con el garfio teledirigido en la siguiente zona con agua electrificada. Crúzala y crea otra más para pasar por la derecha. Trepa el muro y pon gel explosivo en los tablones de la izquierda, en el pasillo. Planea hasta la plataforma inferior del otro lado y destruye el generador que hay en la pared; la corriente eléctrica cesará.
Lanza una granada adhesiva al agua para formar una balsa. Súbete a ella y ve valiéndote de la batgarra para anclarte a las anillas y avanzar por el túnel. Sube a la pasarela con la batgarra y posiciónate frente al botón rojo. Rápidamente, púlsalo y lanza un batarang remoto que pase por la electricidad y acabe en la caja de fusibles. El nivel del agua subirá.
Crea una balsa al otro lado de la pasarela y tira de ella anclándote a la anilla de delante con la batgarra. Pon gel explosivo en la pared y hazlo detonar. Lanza granadas adhesivas en las tuberías para sellarlas y crea una balsa en el siguiente tramo. Esta, a diferencia de las anteriores, avanzará sola, así que solo tienes que preocuparte de ir sellando los escapes de gas con granadas adhesivas y agacharte en los lugares bajos. Al final, cuando los tornos se lleven la balsa, sella las tres tuberías y saca la batgarra para enfancharte a la parte superioor.
Entra por la puerta y ocúpate de los presos. Carga el generador, trepa sobre el ascensor y sube con la batgarra. Abre la siguiente puerta para llegar al nexo. Métete en el conducto y llegarás a la última estancia abierta con múltriples enemigos, a los que puedes liquidar como más te plazca. Ten en cuenta que en la zona central hay un francotirador, así que será mejor que te ocupes de él cuanto antes.
Dirígete a la pequeña oficina central que hay en medio de esta sala. Allí podrás hablar con Harleen Quinzel. La propia cámara te indicará por donde tienes que seguir: el panóptico.
Avanza por el único camino posible hasta llegar al bloque de celdas A. Abre la puerta y enfréntate al grupo de presos. Sigue por la puerta de la izquierda para subir las escaleras y avanza hasta encontrarte con Deathstroke. Sigue andando por las celdas y baja las siguientes escaleras, tras las cuales te espera otro combate contra presos. Sigue por la la puerta doble y avanza un poco más para un tercer enfrentamiento. Pasa por la última puerta para llegar al jefe final.
El combate final contra Bane empieza igual que el anterior: esquiva sus ataques y atúrdelo con la triple capa para luego darle la paliza. Repite hasta que salte una escena en que llega Gordon. Tras esto, sigue luchando hasta que finalmente escape el Joker. Pulsa el botón indicado para reanimar a Bane y prepárate para la segunda parte del combate.
Bane se pondrá como una bestia con el nuevo Veneno que se inyecta, así que ahora ya no puedes hacerle daño con el combate directo. Esta sección consiste en ser sigiloso, esconderse por rejillas y conductos para embestirle silenciosamente. Puedes utilizar las puertas eléctricas a tu favor para hacerle más daño. Finalmente, cuando ya solo le quede una barra de vida, en el vídeo final tendrás que lanzar dos cables para dejar a Bane amarrado. Ahora vamos a por el Joker.
Avanza por el único camino posible. Frente a la puerta cerrada, usa la batgarra para subir a la plataforma superior. Ve por el conducto para llegar al corredor de la muerte y déjate caer por el lado, donde la valla está rota. Te reunirás con Gordon y el alcaide. Acaba con los matones y avanza por la puerta que da a la sala de ejecuciones. Desde ahí, ve hacia la izquierda para llegar a la capilla. El Joker te espera para un último combate a base de QTE y palizas. Fin del juego.
