Los especialistas son necesarios para desarrollar gran parte de las mejoras de i+d en la base madre. Los encontraremos en el juego, tanto de forma aleatoria como en misiones concretas. El propio menú de misiones nos cuenta qué especialistas podemos extraer en ellas. Además, al interrogar a los enemigos muchas veces nos dirán dónde se encuentra el especialista más cercano y nos lo marcarán en el mapa, si es que está.
Especialistas de combate
Estos especialistas tendrán habilidades especiales en combate, y los podremos usar cuando jugamos con ellos en lugar de Big Boss.
Afortunado: Es herido un 50% menos. Se consigue en la misión 8.
Alpinista: Es un 20% más rápido escalando y arrastrándose. Se consigue en la misión 32 y en la misión secundaria 51 (es el soldado altamente capacitado).
Atleta: La velocidad al correr es un 20% mayor. Está en la misión 21 y es el objetivo de la misión secundaria 52.
Botánico: La cosecha de plantas se multiplica por 2,5 al desplegarlo en una unidad de combate. Se consigue en la misión 7, en la misión 17 y en la misión secundaria 14.
Francotirador de vanguardia: Puede derribar objetivos desde muy lejos. Es Quiet.
Hablador: Oculta sus habilidades al examinarlo. Es el objetivo de la misión secundaria 62 y también aparece en las misiones 14 y 22.
Pistolero: Al desplegarlo en combate, el modo reflejo dura 1 segundo más. Está en la misión 03, en la misión 23 y en la misión 31.
Pistolero rápido: Desenfunda el arma el doble de rápido. Es el comandante de Wakh Sind en la misión 1.
Recarga rápida: Las armas se recargan un 50% más rápido al desplegarlo. Está en la misión 6, en la misión 35 y en la 46.
Rescatista: El éxito de las extracciones de fulton aumenta un 20%. Está en la misión 1, en la 4 y en la 8.
Salvaje: Podemos usar el botón CQC mientras corremos para lograr un super puñetazo. Aparece en la misión 7, en la misión 26 y en la 41.
Tipo duro: Salud máxima al 20% al desplegarlo. Está en la misión 6 y en la misión 10.
Especialistas de la base
Estos especialistas tienen habilidades que mejoran el funcionamiento de la base, abaratando costes o tiempos, o permitiendo el desarrollo de una tecnología en concreto.
Anestesista: Permite desarrollar armas tranquilizantes y otros extras. Es el prisionero que hay que extraer en la misión 10.
Armero (Ametralladora): Permite desarrollar nuevas armas de fuego. Además, cada uno que tengamos, hasta un máximo de 10, reduce en un 3% el coste. Es el soldado deambulante de la misión secundaria 56.
Armero (Escopetas): Permite desarrollar nuevas armas de fuego. Además, cada uno que tengamos, hasta un máximo de 10, reduce en un 3% el coste. Es el prisionero de la aldea de Wialo en la mision 4.
Armero (Lanzagranadas): Permite desarrollar nuevas armas de fuego. Además, cada uno que tengamos, hasta un máximo de 10, reduce en un 3% el coste. Es el solado deambulante en la misión secundaria 53.
Armero (Lanzamisiles): Permite desarrollar nuevas armas de fuego. Además, cada uno que tengamos, hasta un máximo de 10, reduce en un 3% el coste. Es el soldado deambulante en la misión secundaria 55, también sale en la misión secundaria 24 y aparece tras completar la misión 31.
Armero (Metralletas): Permite desarrollar nuevas armas de fuego. Además, cada uno que tengamos, hasta un máximo de 10, reduce en un 3% el coste. Es el soldado deambulante de la misión secundaria 59.
Armero (Pistolas): Permite desarrollar nuevas armas de fuego. Además, cada uno que tengamos, hasta un máximo de 10, reduce en un 3% el coste. Es el objetivo de la misión secundaria 107.
Armero (Rifles de asalto): Permite desarrollar nuevas armas de fuego. Además, cada uno que tengamos, hasta un máximo de 10, reduce en un 3% el coste. Es el hombre que adiestra a niños soldado en la misión 13, y sale en la misión 19.
Armero (Rifles de francotirador): Permite desarrollar nuevas armas de fuego. Además, cada uno que tengamos, hasta un máximo de 10, reduce en un 3% el coste. Sale en la misión secundaria 15, es el soldado deambulante en la misión secundaria 58 y aparece como voluntario tras completar la misión 46.
Base Madre XO: Habilidad de Kazuhira Miller que duplica la moral de la unidad en la que esté.
Cirujano: Si está en el equipo médico aumenta en un 3% la velocidad de recuperación del personal herido. Aparece como voluntario en la misión 31, es un prisionero en la misión 26 y es un prisionero fugado en la misión 9.
Consejero: Si está en el equipo médico aumenta en un 3% la recuperación del personal con estrés. Es un objetivo en la misión 25 y el soldado deambulante de la misión secundaria 57.
Desarrollador de armas bípedas: Permite el desarrollo de equipamiento de D-Walker. Es el doctor Emmerich, al que rescatamos en la misión 12 de la historia.
Desarrollador de fármacos: Si está en el equipo médico podemos desarrollar el noctocyanin y el acceleramin. Es uno de los prisioneros de la misión 29.
Diplomático: Reduce en un 1% la posibilidad de que haya incidentes dentro del equipo. Sale en las misiones 6 y 16, y en las misiones secundarias 20 y 112. Además es el soldado deambulante de la misión secundaria 60.
Especialista en biónica: Si está en el equipo de i+d podemos desarrollar brazos prostéticos. Es el objetivo que tenemos que extraer en la Misión 5.
Especialista en cámaras de seguridad: Si está en el equipo de i+d podemos desarrollar la cámara de vigilancia y otros equipamientos. Está en la misión 26.
Especialista en cibernética: Permite el desarrollo de la tecnología médico en brazos prostéticos. Es un objetivo opcional de la Misión 9.
Especialista en control de cohetes: Permite el desarrollo de brazos prostéticos con cohetes. Está preso en el palacio de Lamar Khaate en la misión 32.
Especialista en electrohilado: Permite el desarrollo del traje de sigilo con cuchillo de D-Dog y del uniforme de combate de D-Horse. Es uno de los prisioneros de la misión 9.
Especialista en gas adormecedor: Permite el desarrollo de la mina-LLG y la granada adormecedora. Es un prisionero en la misión 25.
Especialista en ingeniería mecatrónica: Permite el desarrollo de brazos prostéticos de precisión. Está preso en el puesto de avanzada Yakho Oboo en la Misión 10.
Especialista en metamateriales: Permite el desarrollo del camuflaje sigiloso y más ítems. Está preso en el campo de Kiziba en la misión 17.
Especialista en radares: Permite desarrollar el sonar activo para el brazo. Es uno de los soldados que escoltan al comandante de Wakh Sind en la misión 7, y aparece como voluntario al terminar la misión 12.
Especialista en redes electromagnéticas: Permite el desarrolo de la mina-EMN. Está preso en la aldea Shago en la misión 32.
Especialista en supresión de ruido: Permite adaptar silenciadores en las pistolas. Es el prisionero de la misión 38.
Especialista en teledirección de misiles: Permite el desarollo del Killer Bee y otros lanzamisiles. Es un prisionero de la misión 19 y el traficante de armas de la misión 21.
Especialista en trampas: Permite el desarrollo del señuelo aturdidor E. Es uno de los prisioneros de la aldea Ditadi en la misión 15.
Especialista en transporte: Permite el desarrollo de la mejora de carga 2 del fulton. Es uno de los prisioneros del palacio en la misión 10, está también en las misiones 13 y 15. Aparece como voluntario tras completar la 16.
Ingeniería de materiales: Permite el desarrollo del uniforme de combate y otros uniformes. Es uno de los prisioneros de la misión 14.
Instructor de táctica: Las variaciones de moral se dividen entre dos en su unidad.
Es Ocelot.
Intérprete (Afrikáans): Permite entender el afrikáans. Es el objetivo de la misión secundaria 3 y el intérprete de la misión 14.
Intérprete (Kikongo): Permite entender el kikongo. Es el objetivo de la misión secundaria 4.
Intérprete (Pashto): Permite entender el pashto. Es el objetivo de la misión secundaria 2.
Intérprete (Ruso): Permite entender el resuto. Es el objetivo de la misión secundaria 1.
Maestro armero: Permite personalizar armas. Se consigue tras una serie de misiones secundarias que comienzan en la misión secundaria 110.
Médico: Aumenta un 3% la velocidad de recuperación. Aparece voluntario tras completar la misión 46, es el objetivo de la misión 24 y el soldado deambulante de la misión secundaria 54.
Parasitólogo: Permite el desarrollo del traje parásito. Es Code Talker (misión 28).
Persona problemática (acoso): Puede provocar estrés a otro miembro del equipo. Misión 26.
Persona problemática (antihigiénico): Puede enfermar a otro miembro del equipo. Misión 25.
Persona problemática (violencia): Puede herir a otro miembro del equipo. Misión 17.
Zoólogo: Permite el desarrollo de la botella de carnada. Es uno de los prisioneros de la misión 14.