En Assassin's Creed Origins hay un sistema de misiones secundarias totalmente integrado en el juego. Cuando encontremos un símbolo de admiración podremos recibir una secundaria, que luego podremos elegir si llevar a cabo o no. Todas las secundarias quedan almacenadas en su propio apartado, y podemos cumplirlas cuando queramos, tanto enteras como con partes. Podremos seleccionar su objetivo y el juego nos indicará a dónde ir para continuarlas.
Todas las secundarias tienen un nivel recomendado al que es importante hacer caso.