Aunque sea un juego de karts, Crash Team Racing Nitro-Fueled cuenta con jefes finales a los que debes "derrotar". Para poder derrotar a los jefes, simplemente tienes que ganar una carrera contra ellos. Los jefes se desbloquean completando todos los circuitos de cada zona.
Ripper Roo
- Zona: Playa N. Sanity.
- Circuito: Tubos de Roo.
Ripper Roo es el primer jefe al que tendrás que enfrentarte. La carrera tiene lugar en un circuito con bastantes curvas, por lo que el valor de conducción tan alto del enemigo le puede dar cierta ventaja. Si ves que con un personaje de velocidad te pierdes, prueba con uno Acelerado o Equilibrado.
Papu Papu
- Zona: Las ruinas perdidas.
- Circuito: Pirámide de Papu.
Papu Papu será el segundo jefe. En este circuito tienes curvas bastante cerradas y la visibilidad es bastante mala, así que puede llevarte un par de intentes hasta aprenderte el trazado. Además, lo "abierto" del escenario es bastante engañoso, ya que puede que parezca que la zona es perfecta para derrapar pero puedes caerte fácilmente, o chocar contra alguna columna.
Además, tienes que tener en cuenta que Papu Papu puede lanzar pócimas constantemente. Si chocas con alguna, te ralentizará lo suficiente como para que te deje atrás, así que cuidado.
Komodo Joe
- Zona: Parque Glaciar.
- Circuito: Minas Dragón.
El tercer jefe final, de la categoría Equilibrado, puede darte algunos problemas al estar en un circuito con bastantes curvas. Además, debes tener en cuenta que puede lanzar cajas de TNT y Nitro, así que mucho cuidado si le tienes cerca. Presta especial atención a la rampa de madera en espiral: si vas con un personaje de tipo Avanzado, puedes chocarte fácilmente con los laterales al no poder girar rápidamente.
Pinstripe
- Zona: Ciudadela.
- Circuito: Pista Zepelín.
Como cuarto y penúltimo jefe, Pinstripe no es tan, tan complicado como cabría esperar. Puede tirar bombas cuando quiera, pero la mayor amenaza es el propio escenario. Ten muchísimo cuidado porque en la mayoría de curvas no hay barandilla y te irás p'abajo fácilmente.
Nitros Oxide
- Zona: Valle de las gemas
- Circuito: Estación de Oxide.
Con una planificación mínima, la carrera es sencilla. Lo que tienes que hacer es escoger un personaje de Velocidad e ir sobre seguro. Es decir, en cuanto consigas adelantar a Oxide, no arriesgues demasiado con los derrapes. Eres más rápido que él, y lo único que puede hacer es tirar pociones de dos en dos. Siempre que no te despistes, o no cojas ni un sólo turbo y él los coja todos, es físicamente imposible que te alcance, porque tienes 3 puntos de velocidad más que él.