El diseño de las fases no es completamente lineal, pero no estamos ante un laberíntico "metroidvania", ni muchísimo menos. La fase en Transilvania consiste básicamente en encontrar a los tres sobrinos –el objetivo secundario que no estaba presente en el original-, secuestrados al inicio del nivel, para luego dar con la batalla final. Para ello debemos explorar la mansión y, si lo deseamos, abrir el mapa –una de las novedades- que indica los puntos en los que se encuentran los patos. Este mapa está accesible pausando el juego, de modo que aunque es un poco incómodo para utilizarlo constantemente, el hecho de no aparecer impreso en la pantalla evita estropear la partida a aquellos que quieran jugarlo guiándose de su instinto, que en realidad es como se debería jugar. Utilizarlo en desmedida, eso sí, hace que la dificultad descienda y el factor de exploración baje mucho atractivo. Esta fase incluye nuevas secciones con vagonetas al estilo montaña rusa en la parte exterior del edificio.
La fase en el Amazonas nos propone buscar el dorado cetro de una tribu del lugar. Primero repasaremos la jungla obteniendo una serie de monedas a la vez que luchamos contra la fauna autóctona: gorilas, abejas, serpientes arañas enormes y una flora agresiva –plantas carnívoras-. Una vez conseguimos todas las reliquias, vamos a un altar que indica el lugar donde se esconde el tesoro, que no es ni más ni menos que un templo repleto de más enemigos. Como en el original de NES, los mapas están repletos de joyas y cofres para aumentar nuestra puntuación final –que en este caso, simboliza dinero-. Para recuperar vitalidad habrá que conseguir pasteles y tartas, conviene no perder de vista estos objetos puesto que Ducktales, como la mayoría de títulos de la época, incluye plataformas que hay que superar de manera precisa o de lo contrario seremos golpeados por trampas o enemigos. A mitad del nivel hay una nueva parte en la que, colgados del helicóptero de Joe, pasamos una zona con plataformas y enemigos.
La tercera de las fases tiene lugar en la montaña del Himalaya. Además de otro nuevo tesoro, esta vez hay que obtener un artilugio necesario para arreglar el aeroplano del torpe Joe McQuack. Esta fase es sensiblemente más difícil que las dos anteriores y tiene particularidades, como suelos deslizantes por el hielo o superficies de nieve en las que no se puede rebotar con el bastón, lo que dificulta bastante eliminar a los enemigos. Antes del jefe final se ha añadido una sección sobre el aeroplano de Joe en la que nos enfrentamos con Isidoro Dorado, el archimillonario rival del protagonista.
WayForward no ha hecho un calco exacto del diseño de cada fase. Es idéntico al original en un 90%, incluyendo los enemigos y sus posiciones, pero ha añadido pasadizos secretos, objetivos secundarios que obligan indirectamente a explorar todo el mapeado, se han ampliado y/o mejorado secciones y los jefes ahora están mucho mejor planteados. Así por ejemplo tenemos al villano de la parte del Amazonas que en NES era sólo una estatua de piedra que se limitaba a desplazarse por la pantalla con algún ocasional salto: además de una mecánica un tanto pobre, no suponía ningún reto. Los desarrolladores ahora lo han convertido en una prueba mucho más interesante, con bloques móviles del escenario que surgen para intentar aplastar al viejo y rico pato.
