Como es habitual en la serie, esta nueva edición de Pokémon nos llega por partida doble con dos versiones distintas. Tal y como era de esperar, en cada una de ellas nos encontraremos con criaturas exclusivas que no aparecen en la otra.
Del mismo modo, se han mantenido los cambios horarios que ya pudimos ver en Sol y Luna.
Excepto en escenas puntuales, ambos juegos se sincronizan con el reloj interno de la consola, pero en el mundo de Pokémon Ultraluna hay una diferencia de +12 horas, por lo que si juegas de día, en el juego será de noche, y viceversa.
Las diferencias entre las dos versiones son las siguientes:
Diferencias horarias
El tiempo en el juego va sincronizado con el tiempo real de tu consola: El mundo Pokémon Ultrasol transcurre al mismo tiempo. En cambio, el mundo de Pokémon Ultraluna transcurre doce horas después.
De todos modos, en el Altar del Sol (en Ultrasol) o en el Altar de la Luna (en Ultraluna) de Isla Poni, podemos tocar el Ultraumbral que allí se abre al avanzar en la historia principal y seleccionar la opción de "Viajar a otro mundo" para cambiar al sistema de horario de una edición u otra, independientemente de a cuál juguemos.
Diferentes Pokémon exclusivos
Como ya nos tienen acostumbrados en la saga, dependiendo de la edición que adquiramos de esta entrega podremos acceder a una serie de Pokémon exclusivos que no aparecen en la contraria (incluyendo legendarios), lo que nos obligará a intercambiar con los usuarios de la otra versión a poco que queramos completar la Pokédex.
Cada versión tiene sus propios legendarios exclusivos, ultraentes exclusivos y Pokémon normales exclusivos. Éstos son todos los Pokémon exclusivos de cada versión.