Square Enix ha aclarado la situación de Nier y sus dos versiones, Nier Gestalt y Nier Replicant, a través de Famitsu Xbox 360. Presentado inicialmente como Nier para PlayStation 3 y Xbox 360, posteriormente se anunció Nier Gestalt -del cual pertenecían las primeras imágenes mostradas- como exclusivo para la consola de Microsoft, y Nier Replicant para la consola de Sony.
Yosuke Saito, productor ejecutivo, cuenta que las diferentes versiones sólo afectarán al territorio japonés. Esto es, Nier Gestalt será la versión que llegará a todo el mundo (PlayStation 3 y Xbox 360) excepto a Japón, donde será exclusivo para Xbox 360. Nier Replicant será la versión que llegará a Japón, exclusivamente para PlayStation 3 y a ese país y ninguno otro.
Nier Replicant ha sido desarrollado por Cavia para Square Enix y está orientado específicamente al mercado japonés, y cuenta una historia en la que un joven busca ayudar a su hermana. Gestalt por su parte es un juego con un aspecto más occidentalizado, con un héroe que intenta salvar a su hija de una enfermedad. Aunque no confirmado por Square Enix, todo apunta a que la joven enferma se trata de la misma persona en ambos juegos. Square Enix asegura que para ver la historia por completo requerirá jugar a las dos versiones.
Las dos versiones de Nier están previstas para 2010.