A partir de la secuencia dos tenemos el barco Jackdaw a nuestra disposición, pero para poder triunfar en los mares del Caribe tendremos que mejorarlo.
Para mejorar nuestro barco o, mejor dicho, cada una de sus facetas, necesitaremos dinero y materiales.
En el caso de las mejoras de élite, tendremos que haber encontrado los planos de diseño en los barcos hundidos y los cofres enterrados.
Planos de las mejoras de élite
Mejora de élite casco
Se consigue en el recuerdo 1 de la secuencia 6, "Buceo en busca de medicinas", al final del nivel.
Mejora de élite cañón pesado
Se consigue en la cueva de los forajidos, en Corozal.
Balas de cañón de élite
Se consigue en las ruinas de Kabah (769,145).
Cañones ligeros de élite
Se consigue en las cavernas de ojo del diablo (487,357).
Espolón de élite
Se consigue en el lugar del hundimiento de la Concepción (181,296).
Cañones de andanada de élite
Se consigue en el agujero azul (471,170).
Morteros de élite
Se consigue en el hundimiento del Atocha (630,660).