En el modo historia lucharemos a lo largo de 12 capítulos encarnando a diferentes personajes. En una dimensión alternativa Superman mata al Joker y crea el Régimen donde es líder absoluto, mientras tanto en nuestra dimensión el Joker va a estallar una bomba nuclear en pleno metrópolis, justo cuando va a hacerlo, todos los que están en la escena son teletransportados a la otra dimensión, donde estarán nuestros dobles al servicio del malvado Superman, amigos que se harán enemigos, enemigos que se harán amigos, hasta poner fin a la locura del hombre de hierro. Bastante entretenido.
En ciertos momentos tendremos QTE’s 7 en total, si los hacemos todos bien nos dan un logro/trofeo, si no fallamos ninguna secuencia en los QTE’s el rival comenzará con media barra menos, las secuencias que fallemos nos restaran vida a nosotros para el combate.
Capítulo 1: Batman
Deathstroke
Bane
Lex Luthor
El Joker
En el combate contra Lex Luthor tenemos un QTE en el que le tiramos Batarangs mientras se nos acerca, tenemos que completar la secuencia 3 veces y solo nos piden un botón cada vez.
Capítulo 2: Linterna Verde
Raven
Cyborg
Siniestro
Yellow Lantern
En el combate contra siniestro tenemos un QTE donde ambos luchan con sus anillos de poder, tras pulsar varias combinaciones, Siniestro nos atacará con una sierra mecánica, aquí tenemos que llenar la barra a tope pulsando los 4 botones.
Capítulo 3: Aquaman
Flash
Shazam
Aquaman
Ares
Capítulo 4: El Joker
Batman
Harley Queen
Hawkgirl
Nightwing
En el combate contra Nightwing salta un QTE en el que debemos lanzarle cartas mientras corre hacia nosotros, son 6 secuencias de combinaciones, donde las cartas tienen asignado un botón, no hay que esperar a tirarlas sino fijarse en que cuando pulsamos el botón correcto la cobinación se marca en verde, si esperamos a lanzarlas no lo conseguimos.
Capítulo 5: Green Arrow
Solomon Grundy
Killer Frost
Wonder Woman
Black Adam
En el combate contra Solomon Grundy tenemos otro QTE, debemos dispararle flechas mientras se acerca, son 4 secuencias, las 2 primeras muy fáciles, en las siguientes se mueve nos tira cuchillos y sillas que podemos romper, en la última hay que intentar fallar lo justo y anticiparse a sus movimientos.
Capítulo 6: Cyborg
Deathstroke
Lex Luthor
Catwoman
Cyborg
Capítulo 7: Deathstroke
Shazam
Flash
Killer Frost
Wonder Woman
Capítulo 8: Batman
Catwoman
Nightwing
Green Arrow
Yellow Lantern
Otro QTE en el combate contra Green Arrow, nos dispara flechas y tenemos que evitarlas, bastante sencillo ya que todos los disparos son de un solo botón, salvo el penúltimo de 2 y el último de 3, lo haremos sin problemas
Capítulo 9: Lex Luthor
Harley Quinn
Joker
Hawkgirl
Shazam
Capítulo 10: Flash
Yellow Lantern
Solomon Grundy
Siniestro
Green Arrow
Capítulo 11: Wonder Woman
Bane
Ares
Raven
Wonder Woman
Contra Bane tenemos otro QTE, nos dispara con su metralleta y bloqueamos los disparos, 4 secuencias, en la última debemos pulsar los 4 botones rápidamente sin bajar del tope que tenemos marcado
Batman
Batman
Capítulo 12: Superman
Black Adam
Aquaman
Doomsday
Superman
QTE contra Black Adam, nos tira coches desde el fondo de la calle, debemos ir llenando la barra eliminando coches con nuestros rayos de ojos pulsando el botón indicado, de vez en cuando nos lanza un rayo que si no pulsamos bien el botón nos dejará brevemente aturdidos.