La aventura comienza en casa de Link, con Guri despertándote de una pesadilla. Antes de salir, invierte unos segundos en romper las tres vasijas que hay junto a la cama para obtener tus primeras rupias o algún corazón. Si te fijas, en la pared derecha está la máscara de Majora adornando la estancia.
Sal de la casa para seguir a Guri, que enseguida te presentará a la veleta (el punto donde podrás guardar tu partida). Así pues, acércate a la veleta y pulsa el botón A para hacer lo propio.
Una veleta se añadirá en el mapa con la ubicación "Tu casa". Como ves, será importante que actives siempre cada veleta que veas, aunque no necesites guardar la partida. Ahora puedes ir un momento al jardín de la derecha, frente a la casa de Link, y arrancar los arbustos para conseguir más rupias y corazones. Haz lo mismo por la parte trasera.
Cuando ya hayas satisfecho tus primeras ansias arboricidas, ve por la izquierda. Verás a Guri yéndose por el camino del norte. Corre hacia el sur y luego gira para seguirle. Frente al río, toma la desviación de la izquierda. Ve hacia el norte, sube las escaleras de piedra y entra en la fragua.
Tras la conversación, recoge la espada que hay sobre la mesa y sal de la casa para ir a devolvérsela al capitán de la guardia. El herrero te marcará tu destino en el mapa de la pantalla inferior, así que no tendrás mayor dificultad. Baja las escaleras, sigue el camino del este, siguiendo el río, y llegarás al Castillo de Hyrule. Cruza el gran puente y habla con el soldado que vigila la entrada.
Dirígete al norte por el atajo de la izquierda. Pasa por delante de dos soldados que limpian las pintadas de la pared y luego desvíate al oeste. Sigue el sendero hacia el norte hasta llegar frente a otro cartel. Llegarás al santuario por el camino de la derecha. Atraviesa los primeros muros y, antes de cruzar las rejas, activa la veleta de la izquierda ("Santuario").
En el santuario conocerás a Zeres y Dampé. La primera se meterá en casa y el segundo charlará contigo un poco más, hasta que oigáis un grito y no te quede más remedio que tomar prestada la espada del capitán. Ahora ya puedes blandirla con el botón B, de manera que podrás cortar la hierba alta y los pequeños arbolitos. Ve hacia el este para llegar al cementerio, donde tendrás que matar a los primeros enemigos.
Empuja las lápidas poniéndote frente a ellas y pulsando el botón A. A veces saldrán rupias y otras estarás liberando a enemigos. En cualquier caso, tu aventura prosigue por la lápida central, tras cortar los dos arbolitos que obstaculizan su acceso.
Baja las escaleras y llegarás al pasadizo secreto. Aquí abajo está todo muy oscuro, así que ve en dirección recta hacia el cofre iluminado. Ábrelo para obtener la lámpara y equípala en el inventario.
Ya tienes un poco más de visibilidad y puedes romper todas las vasijas que hay por la sala. Luego acércate a cada uno de los dos braseros que hay al norte e ilumínalos pulsando el botón Y cerca de ellos. Cruza la puerta.
La siguiente estancia es mucho más grande y está llena de braseros. Ve iluminándolos con la lámpara para tener mejor visibilidad. ¡Y ten cuidado con los numerosos enemigos que hay aquí! Abre el cofre que hay al sur, en la planta inferior, para obtener una rupia roja.
Luego sube por las escaleras de la izquierda y ve por la pasarela que sigue junto a la pared de la derecha. Al final del recorrido hallarás otro cofre, en cuyo interior hay una llave pequeña.
Vuelve sobre tus pasos por la pasarela y abre la puerta con cerradura. Mata a los tres enemigos de la siguiente sala y sigue por el norte. Ilumina el siguiente brasero y verás que hay dos palancas en la pared del fondo. Tira de la de la izquierda para abrir la puerta (la de la derecha hace que aparezcan enemigos). Sube las escaleras y cruza por ella. Llegarás al santuario.
Ve hasta el pasillo principal para ver una escena entre el padre de Zeres y Yuga.