En caso de que el navío sufra algún tipo de daño, ya sea por un impacto o por el ataque de los enemigos, tendremos que estar muy atentos para ir reparándolo, ya que si los daños son muy graves puede acabar hundiéndose. Para ello será fundamental que vayamos equipados con tablones de madera. Una vez seleccionados simplemente tendremos que acercarnos a la zona dañada y comenzar a repararla, consiguiendo con ello que el agua deje de entrar.
Una vez reparado el casco será imprescindible que comencemos a sacar cubos de agua de la bodega y las zonas inundadas para achicar agua y aligerar peso y conseguir mayor velocidad y maniobrabilidad, así como algo de seguridad en caso de ser atacados nuevamente.
Para ello tendremos que seleccionar el cubo de nuestro inventario y salir hasta la cubierta para lanzar el agua por la borda, procedimiento que deberemos repetir hasta vaciar por completo el compartimento inferior.
En caso de sufrir un devastador ataque o demostrar poca pericia en la navegación podemos perder nuestra embarcación en el fondo del mar. En este caso no hay de que preocuparse, pues pasados unos momentos veremos como una sirena aparece en el mar portando una potente bengala y agitando el brazo. Si nos dirigimos hasta ella nos devolverá hasta una nueva embarcación y podremos continuar con nuestra aventura.