Activision ha distribuido las primeras imágenes de Prototype 2, previsto para 2012 en PC, Xbox 360 y PlayStation 3. El juego se presentó durante los VGA con un primer tráiler.
La secuela estará protagonizada por un nuevo héroe, James Heller, que intentará destruir al anterior protagonista, Alex Merce, siguiendo los acontecimientos de la historia original.
Hay disponible un vídeo del juego en el que se muestra a Heller utilizar su fuerza sobrehumana en esta secuela.