The Callisto Protocol nos da la opción de enfrentarnos a los enemigos usando armamento militar y no simples herramientas. Éste es el arsenal completo, lo que debes hacer para conseguirlo y las mejoras que se pueden desbloquear.
- Conseguirás obligatoriamente el Pincho, la Palanca, la Porra de aturdimiento, el Cañón de mano, el GAR y la Escopeta antidisturbios.
- Todas las armas se pueden mejorar en cualquier reforja (salvo el Pincho y la Palanca) usando créditos.
- No es recomendable fabricar la Escopeta ni la Pistola táctica, salvo que quieras experimentar. La primera es un arma inútil y que hará aparecer munición que no necesitas, mientras que la segunda no sirve para nada.
- Las armas no ocupan espacio y no se pueden guardar.