Hideo Kojima ha confirmado que la versión de Zone of the Enders 2: The Second Runner incluida en Zone of the Enders HD Collection es la edición especial, es decir, la versión completa que llegó a territorios PAL -como Europa- y NTSC-J -Japón-.
Esta versión incluía novedades que hasta ahora los jugadores norteamericanos no habían podido disfrutar, como nuevas escenas, más modos de dificultad y más misiones extra.
En la fotografía mostrada por Kojima podemos ver el menú inicial de la secuela de ZOE.
