Boston y Nueva York están divididas en zonas que controlan los templarios y tendremos que liberar mediante las Misiones de Liberación, tendremos que cumplir varios objetivos antes de iniciar la última misión que pondrá fin al control templario.
Durante la secuencia 6 liberamos Boston central y reclutamos a Stephane Chapheau, al ir liberando los diferentes distritos iremos consiguiendo nuevos reclutas y nuevas habilidades pulsando LB/L1. Podemos ver al recluta de la zona si vamos al punto contacto en el distrito pero no nos acompañara hasta haber finalizado primeramente todas las misiones de liberación, (3) significa que habrá 3 puntos en el distrito donde tengamos que realizar la acción pedida, por ejemplo en Boston Norte, piden Detener matones y Liberar civiles, tendremos que realizar estas 2 misiones 3 veces cada una, es decir en total 6 puntos del mapa para las de Boston y sube a 9 en las de Nueva York, una vez hayamos completado todos los objetivos debemos hablar con el contacto para iniciar la misión final. Si fallamos uno de los puntos, simplemente con alejarnos volverá a activarse, así que sin problemas las podremos ir completando tranquilamente. Una vez lleguemos a cada uno de los puntos de las misiones el objetivo pasará a círculo verde o azul para interactuar con alguien o rojo para los enemigos.
Habilidades: Las habilidades de asesino son acciones que ejecutan nuestros reclutas y se muestran pulsando LB/L1, por cada distrito que liberemos nos darán un nuevo recluta y una nueva habilidad, todos pueden usar todas las habilidades, en la parte inferior derecha vemos el número de reclutas disponibles y la habilidad seleccionada, pulsando LB/L1 brevemente daremos la orden de ejecutarla a un recluta, si disponemos de más y volvemos a pulsar el botón vendrá otro recluta a ejecutar la misma acción, eso sí cada vez que llamemos a un recluta y se marche tardará un rato en poder ser llamado otra vez y si es herido (no pueden morir) se mostrará una de las barras de reclutas en rojo y tardará mucho mas en reaparecer. Los recluta suben de nivel (ver Gremio de Asesinos) al utilizarlos en conflictos abiertos. Utilizar bien los reclutas y las habilidades puede sernos de gran ayuda en muchas de las batallas que afrontemos en el juego. A continuación las 8 habilidades.
Asesinar: nos la dan con la secuencia 6, fija al objetivo y el recluta lo asesinará sin contemplaciones
Revuelta: nos la dan también en la secuencia 6, el recluta iniciará una revuelta con los ciudadanos cercanos para llamar la atención de los guardias y dejarnos vía libre
Guardaespaldas: La conseguimos en Boston Norte, el recluta nos librará de las amenazas cercanas, nos sigue y si hay problemas interviene
Tiradores: La conseguimos en Boston Sur, el recluta dispara al blanco seleccionado, esta habilidad con 6 reclutas puede decantar fácilmente la batalla a nuestro lado ya que no efectúan un solo disparo sino varios
Engañar: El recluta roba al objetivo y fija la atención de los guardias sobre él
Emboscada: Con esta habilidad la pulsar LB/L1 Connor dejará un círculo blanco en el suelo, cualquier enemigo que entre en la zona será atacado
Escolta encubierta: Con esta habilidad lso reclutas disfrazados escoltarán a Connor como si fuera un prisionero
Refuerzos: Cuando entramos en conflicto directo pasa automáticamente a esta habilidad, podremos llamar a los reclutas disponibles para que nos echen una mano.
Boston Norte: Las Bandas de Boston
Unos matones están aterrorizando el vecindario. Detenles
Recluta: Duncan Little, Habilidad: Guardaespaldas
-Detén a los matones que están acosando al comerciante (3)
-Libera al civil retenido por los matones (3)
-Habla con tu contacto en el distrito
-Mata al líder templario
Boston Sur: Reclutamiento
Están reclutando muchachos por la fuerza para el ejército. Ayúdalos
Recluta: Clipper Wilkinson, Habilidad: Tiradores
-Elimina a la escolta de un prisionero reclutado por la fuerza (3)
-Persigue y mata a un perseguidor militar (3) , van a caballo así que lo mejor es dispararles
-Habla con tu contacto del distrito
-Mata al líder templario
Nueva York Norte: Racionamiento
Ayuda a los habitantes de la zona rural a afrontar el racionamiento
Recluta: Dobby Carter, Habilidad: Engañar
-Protege a una familia del desahucio (3)
-Defiende a un granjero mientras cosecha (3) tendremos que proteger al granjero de varias oleadas de enemigos
-Dale una paliza al comerciante para ayudar a los niños hambrientos (3) (con puños)
-Habla con tu contacto del distrito
-Mata al líder templario
Nueva York Oeste: Viruela
La viruela se está propagando por Nueva York. Puede que las causas no sean del todo naturales...
Recluta: Jamie Colley, Habilidad: Emboscada
-Quema las mantas infectadas (3)
-Lleva a 3 civiles enfermos a la clínica (3) Les tenemos que coger y llevarles hasta el hospital improvisado donde esta Jaime y ponerles sobre las camas señalizadas.
-Mata a los perros rabiosos (3)
-Habla con tu contacto del distrito
-Mata a los guardias que se acercan, (debemos proteger el hospital de oleadas de enemigos mientras Jamie mata al líder, usar los barriles de pólvora nos vendrá muy bien
Nueva York Este: Ley Marcial
Se ha declarado la ley marcial en Nueva York
Recluta: Jacob Zenger, Habilidad: Escolta Encubierta
-Habla con Jacob Zenger
-Dale una paliza a un líder para obtener información (3) (con puños)
-Endósale un documento falso a un soplón (3) los soplones están bastante alerta tendremos que seguirles ocultándonos entre la gente, una vez al lado para colarles el falso documento es igual que Robar dejar apretado B/Círculo
-Impide una ejecución (3)
-Habla con tu contacto del distrito
-Mata al líder templario