La historia del juego nos presenta a un joven estudiante japonés (el protagonista de la aventura) acusado de un crimen que no cometió y juzgado injustamente por ello, algo por lo que se ve obligado a mudarse durante un año completo a Tokio hasta que pase su castigo, momento en el que comienza el título.
Una vez en su nuevo hogar, entrará en un nuevo instituto y se adentrará en un mundo sobrenatural donde obtendrá el poder de controlar y dominar a los Personas, unos poderosos seres que son la manifestación física de las personalidades y corazones de cada ser humano, gracias a los cuales podrá desplegar todo tipo de magias y técnicas especiales para acabar con las Sombras que habitan dicho mundo.
Este mundo es en realidad el reflejo de la consciencia humana, lo que da forma a los sueños y deseos de los corazones distorsionados de las personas malvadas, algo que nuestro protagonista aprovechará para robarles el corazón y provocarles un cambio de parecer que les haga confesar sus crímenes en el mundo real.
De este modo, crea un grupo de ladrones de guante blanco conocido como The Phantom Thieves of Hearts, teniendo que llevar una doble vida en la que compaginar el día a día de un estudiante con las aventuras en el mundo sobrenatural.
