Han pasado varios meses desde los hechos sucedidos al final de Wind Waker, y Link y Tetra, junto con sus amigos piratas, están en un océano cubierto de niebla en el que se encuentran un misterioso banco abandonado que Tetra decide investigar sola. Link tendrá que ir rescatarla, pero fracasará quedando inconsciente.
Sin saber cuánto tiempo ha pasado, una hada despertará a Link en la playa de una isla, iniciándose así la aventura para rescatar a Tetra.
Phantom Hourglass, para Nintendo DS, se controla principalmente con la pantalla táctil, dirigiendo los movimientos y ataques de Link. Por ejemplo, al mover el stylus haciendo un círculo, Link hará su famoso ataque rotatorio, y pulsando sobre los personajes que aparezcan en pantalla, Link hablará con ellos.
Este sistema de control es intuitivo, y abre nuevas posibilidades a los puzles de la saga. Nos permitirá, además, hacer anotaciones en el mapa, que podremos revisar y tener en cuenta. Y por si esto fuera poco, también podremos trazar la ruta de nuestro barco; luego éste la seguirá, y usaremos los cañones para defendernos de los enemigos que nos ataquen en la travesía.
El juego incluirá, asimismo, un modo multijugador en el que un jugador controlará a Link y otro a sus enemigos, que intentarán agarrarle mientras éste recolecta gemas.
