El modo Historia sigue los acontecimientos principales de la serie a través de vídeos, escenas interactivas y combates. Es necesario jugarlo entero para desbloquear la plantilla de luchadores al 100%, así como otros coleccionables. Además, completar los requisitos de bonificación te otorgará multitud de tesoros ninja, necesarios para desbloquear todo el contenido.
El rango S se consigue manteniendo un 90% de la barra de vida, sin morir y consiguiendo la mayoría de estrellas en las escenas interactivas.
