Mientras exploras la diferentes regiones de Ezo durante la trama de Ghost of Yotei, también te encontrarás con mcuhas misiones secundarias de diferentes tipos. Las hay desde las misiones más básicas y habituales de echar una mano a un granjero en apuros hasta relatos míticos en los que perseguirás la leyendas de distintos lugares y obtendrás equipo, armaduras o incluso técnicas únicas.
Cabe destacar que existen misiones perdibles entre sí. Hacer algunas misiones cancela otras, pero ninguna de estas "rutas" te llevará a no poder conseguir el 100% estadístico ni te hará perder ningún logro o trofeo.
Por ejemplo, el Metsubishi se puede conseguir en las Praderas de Yotei, pero esto hará que no tengas una misión de sensei en el Risco de Teshio (porque ya tendrás el arma y no puedes volver a conseguirla).
- Recompensas: persigue a los más buscados de Ezo y cobra el precio por su cabeza.
- Relatos: las habituales misiones secundarias con las que ayudarás a los habitantes de cada región.
- Sensei: desperdigados por el mapa hay varios maestros que te enseñarán todo tipo de técnicas.
- Mitos: Ezo es un lugar con muchas leyendas... aunque algunas parece ser que son más reales de lo que deberían.



