Las cuevas están repartidas por todo el mapa de la península y son los lugares principales para encontrar suministros y avanzar en el modo campaña. La mayoría de las cuevas están interconectadas y algunas requieren de objetos especiales para poder acceder a ellas.
Cueva 1
Esta cueva tiene cuatro entradas: cerca del sumidero, al sur del sumidero, al sur de la cabina y al sur del borde del estanque.
Una vez dentro de la cueva encontraremos una pared que podremos demoler con explosivos para acceder a la Cueva 9. La parte norte de la Cueva 1 se mezcla con la Cueva 3, accesible mediante una cuerda.
En la Cueva 1 encontraremos los siguientes objetos:
- Katana
- Linterna
- Robot de juguete
- Cassette 5
- Papiro
Cueva 2
La Cueva 2 tiene una entrada escalando cerca de una aldea caníbal. La segunda entrada está cerca de un pueblo más pequeño junto al lago. La primera vez que muramos apareceremos en esta cueva atados por los pies al techo con un hacha cerca para soltarnos.
En la Cueva 2 encontraremos los siguientes objetos:
- Hacha moderna
- Brújula
- Mapa
- Cabeza de juguete robot
- Informe de autopsia
- El espejismo práctico
- Cassette 1
- Cassette 4
Cueva 3
Esta cueva tiene dos entradas: una en el fondo del rio cerca de una cabaña y otra cerca de unas carpas blancas de la tribu caníbal.
Gran parte de esta cueva está bajo el agua. Es necesario contar con el equipo de buceo y el piolet. La Cueva 3 se conecta con la Cueva 1 por una cuerda. El muro de escalada se puede subir, pero no bajar.
En la Cueva 3 encontramos los siguientes objetos:
- Brazo robot de juguete
- Motosierra
Cueva 4
La Cueva 4 tiene una entrada al oeste de la aldea caníbal del lago. Esta cueva se entremezcla con la Cueva 2.
En la Cueva 4 encontraremos un objeto:
- Cassette 2
Cueva 5
Esta cueva tiene dos entradas: en el sudeste de la península y otra debajo del lago Gesse. Para explorar esta cueva es necesario contar con el equipo de submarinismo. La Cueva 5 está dividida en dos partes por una puerta grande de piedra.
En la Cueva 5 dispondremos de los siguientes objetos:
- Equipo de submarinismo
- Linterna
- Hacha oxidada
- Dibujo mutante
Cueva 6
Esta cueva se extiende bajo la costa oeste de la península. Se divide en dos partes por un pasaje submarino, y se conecta con las cuevas 5 y 10. Es una de las cuevas más peligrosas por la gran presencia de mutantes, caníbales y bebés. Para explorar completamente la cueva necesitaremos un equipo de oxigeno de submarinismo.
En la zona norte de la cueva hay una parte que podremos escalar y donde encontraremos una gran cantidad de abogados decapitados. También descubriremos dos paredes que pueden ser destruidas con explosivos.
La Cueva 6 tiene los siguientes objetos:
- Tarjeta de acceso a los laboratorios
- Videocámara
- Cinta 1: "La llegada de Megan"
- Cinta 2: "Almuerzo de Megan"
- Boleto lotería
Cueva 7
El acceso a esta cueva está cruzando el puente de tierra al norte de la península, justo donde se conecta con las montañas nevadas. Es la cueva más difícil porque es la más extensa y cuenta con una enorme cantidad de enemigos. Para explorar esta cueva debemos ir muy bien previstos de suministros y armamento.
En la Cueva 7 encontraremos los siguientes artículos:
- Raqueta de tenis
- Podómetro
- Linterna
- Brazo juguete robot
- Arco moderno
- Pierna izquierda robot
- Cinta 4: "Efectos secundarios"
- Nota
- Orden de restricción
Cueva 8
La Cueva 8 se ha fusionado con la Cueva 7 en casi todos sus departamentos, por lo que posiblemente desaparezca y se unifique en una única cueva.
Cueva 9
Esta cueva tiene dos entradas principales ubicadas en la misma zona del sumidero. En la parte sur hay una pared que puede volarse para acceder a la Cueva 1. Las múltiples paredes de la Cueva 9 se pueden escalar gracias al piolet, el cual se encuentra en el centro de la cueva. Debemos tener cuidado de no caer en el agujero central mientras cruzamos esta zona.
Los siguientes artículos se pueden encontrar en la Cueva 9:
- Piolet
- Cinta 3: "Apertura del artefacto"
Cueva 10
La entrada a esta cueva está al oeste del sumidero. Es una cueva muy profunda y requiere de dos cuerdas para bajar hasta el fondo. En la zona intermedia hay un campamento de espeleólogos con suministros y sin enemigos. Cerca del final de la cueva hay dos paredes de madera que podemos romper con el hacha.
En la Cueva 10 podemos encontrar los siguientes objetos:
- Nota "No tengas miedo"
- Dibujo Obelisco
- Revista Beneath The Limestone
Cueva HC (Final del juego)
Esta cueva está ubicada en el fondo del sumidero. Solo se puede acceder nadando a través del pequeño orificio del agua, por lo que será necesario el equipo de submarinismo. Después de un largo desplazamiento submarino llegaremos a una gran bóveda. Aquí encontraremos algunos enemigos y un muro de escalada, por lo que deberemos ir bien armados y con el piolet de escalada.
Después superar un largo corredor con algunos enemigos fuertes y llegaremos ante una gran puerta de metal. La puerta conduce al Laboratorio de exploración de Sahara.
Los siguientes artículos se pueden encontrar en la Cueva HC:
- Dos dibujos de Timmy
Cueva científica (La cueva Sahara)
Esta "cueva" es el laboratorio de investigación y observación. Solo se puede acceder mediante la tarjeta de acceso ubicada en la Cueva 6 junto a una fosa común. Una vez dentro del laboratorio encontraremos una gran cantidad de cadáveres momificados. No hay muchos enemigos, salvo al llegar al interior y en la puerta del sacrificio para enfrentarnos al enemigo final.