Kingdom Come: Deliverance desarrolla la trama de Henry a partir de misiones principales que nos van contando la historia de evolución personal de este personaje anónimo. Progresamos del hijo de herrero a un guerrero desarrollando nuestra personalidad y ganando reputación. La campaña principal cuenta con misiones de gran duración que transcurren de manera orgánica a través de diferentes fases y cuentan con objetivos múltiples.
Una de las cualidades de Kingdom Come: Deliverance es precisamente la presentación de estos objetivos secundarios. Cuando comencemos una misión tendremos varios objetivos que nos permitirán acceder al objetivo principal y que podemos elegir cumplir o no.
Si descubrimos la solución sin pasar por los objetivos secundarios los perderemos y con ello no seremos testigos de ciertas escenas o conversaciones, además de impactar en la historia. Solo podemos seguir tres misiones a la vez.
Además de impacto sobre la historia, los objetivos secundarios pueden caducar con el paso del tiempo o el desarrollo de ciertos eventos. Un personaje puede morir por la toma de una decisión en el objetivo anterior y eso desencadenar que la trama de esa misión vaya por otro camino. Antes de enfrascarse en una misión lo mejor es comprobar los objetivos que tenemos y analizar cuáles queremos cumplir de cara a obtener cierto resultado. Completar objetivos secundarios puede hacer que un campamento enemigo quede debilitado y la misión sea más sencilla en su fase final. Tú eliges cómo avanzas.
Además de las misiones principales, Kingdom Come: Deliverance cuenta con misiones secundarias que podemos ir obteniendo de NPCS y que aparecen marcadas en el mapa con signos de interrogación. Otra forma de obtener misiones secundarias o de conocer qué se cuece en determinada región del mapa es hablando con los taberneros: son fuente de información para desbloquear misiones que atañen a esa región concreta.