Una vez demos de comer a Helena la carne de los Amos de las torres 11 y 12, Helena nos esperará en el tejado, al subir, se transforma en el Treceavo Amo y se marcha a la torre central, al llegar allí, vemos 4 puertas, una nos lleva a la Torre del Ocaso otra a la del Alba las otras 2 a unas escaleras para subir a lo alto de la Torre. A mitad de camino mientras subimos encontramos un item que es "trozo de madera" (ya entenderemos porque) al terminar de subir veremos un video en que Helena se transforma en el Proyecto Zero el último Amo y comienza el combate. (Solo en finales S, A, B )
Amo Final el Proyecto Zero : Lo primero a destacar es que este Amo tiene 6 carnes de Amo diferentes cada una con su propia barra de vida, según comienza la batalla se ven las 6 y mientras surgen rayos del suelo que hacen bastante daño, pero si esquivamos bien podremos tirar de alguna de las 6 y causarle algún daño, tras terminar este ataque mostrará 3 de sus puntos débiles cada uno con un ataque diferente, cuando destruyamos una de estas 3, pasará a un cuarto ataque a un quinto y a un sexto a medida que vayamos destruyendo las carnes.
Siempre cuando destruyamos una de las carnes, hará nuevamente el ataque donde mostraba las 6, luego 5, luego 4 etc... y aquí podremos quitarle un poco a las que nos queden esquivando bien los rayos que surgen del suelo, notaremos cual de las carnes esta más débil por el color. Muchas veces al acabar un ataque si estamos cerca intentará cogernos, tan fácil como esquivar hacia un lado para evitarlo.
1 : Alza las manos hacia arriba y vemos la carne, surgirán raíces del suelo que van hacia nosotros expandiéndose hacia los lados, lo mejor ante este ataque es ponernos por su espalda a unos metros mientras alza la carne así podremos quitarle un buen trozo de vida.
2 : Sitúa la carne a su derecha y comienza a girar, nos atacará como si tratara de una espada o un arma, contra este ataque siempre esquivar hacia la derecha, y una vez esquivado coger la carne de Amo y hacer todo el daño posible.
3 : Pone la carne a su izquierda y salen 4 estalagmitas que explotan creando cristales que salen en todas direcciones, se pueden romper las estalagmitas cuando salen pero así nos dará poco tiempo de atacar, lo mejor es romper una de las 2 mas cercanas y tirar de la carne esquivando cuando exploten y salgan los cristales.
4 : Solo la mostrará cuando hayamos destruido una de las otras 3, muestra la carne enfrente y nos tira bolas de fuego, según la muestre la enganchamos y esquivamos las bolas de fuego zigzagueando.
5 : La mostrará al destruir la segunda carne, la sitúa frente a su pierna y crea un muro de cristales que nos persigue, lo mejor como ponerse por la espalda cuando la muestre y hacer el máximo daño.
6 : Al destruir 3 carnes mostrará la sexta, crea un remolino de oscuridad que nos absorve para luego desatar una rayo luminoso, si nos absorve con la oscuridad nos quitará un buen trozo de vida y si nos da con el rayo más aun, cuando carga con la oscuridad nos vamos hacia un lado, corriendo para que no nos absorva, y nos vamos moviendo un poco, según veamos que va a empezar a tirar el rayo la rodeamos para cogerla de lado y poder agarrar su carne, esta justo en donde comienza el rayo entre sus manos.
* En el final C lucharemos contra este Amo pero lo haremos en el patio del observatorio, no llegaremos a La Columna, y solo realizará el ataque de las bolas de fuego (4) y el del muro de cristal (5) e intentará cogernos.
Una vez consigamos vencerla, si hemos hecho lo necesario para tener el final S, veremos la auténtica forma del Proyecto Zero y tendremos que combatir mientras bajamos las escaleras de la Torre junto con Helena, simplemente zigzagueando todo el rato al bajar, pues nos tirá una sustancia púrpura que nos frena y nos coje, si nos coje pulsar rápidamente el Stick y el botón A, tras bajar un buen trozo casi hasta donde estaba el trozo de madera, nos cogerá y nos dirá que le demos al B hacia su boca, caerá desde la torre arrastrando a Helena con ella, en una secuencia y pulsando el botón B salvaremos a Helena y disfrutaremos del Final S.
