Al contrario que en la segunda parte, las misiones se nos presentan como Flashbacks, recuerdos del agente 47 antes de la muerte, tal y como pasaba en Tomb Raider VI. Sin embargo, en esta ocasión tendremos ocasión de enfrentarnos a ella, encarnada en la misión doce, la más difícil de todo el juego y un gran reto a las habilidades que hayamos obtenido superando las once anteriores. Como decíamos arriba, el juego combina misiones del primer título de Hitman (actualizadas a nivel gráfico y con algún cambio) con otras nuevas. Cada misión no tiene que ver con la anterior (se trata de flashbacks), salvo por el "pack" de las tríadas chinas, cuatro misiones procedentes del primer Hitman, y por las dos misiones en Rótterdam relacionadas con una banda de motoristas mafiosos y neonazis. Como curiosidad, la primera misión de todas continúa a la última del primer juego, donde matábamos al "padre científico" del Agente 47 en un hospital psiquiátrico de Rumanía. Lo que tendremos que hacer es escapar de docenas de policías que tienen rodeado el edificio.
Las novedades respecto a Hitman 2 en el aspecto jugable son prácticamente inexistentes. Se conserva la gran virtud del original: La no-linealidad de las misiones, pudiéndolas solucionar de muchas maneras posibles, ubicadas en el espectro que va desde el sigilo absoluto hasta la despiadada carnicería, pasando por puntos intermedios que son los que el jugador podrá conseguir con algo de paciencia. Sin embargo, esta entrega es notablemente más simple que la segunda en el sentido de que muy pocas misiones requieren el sigilo como requisito absoluto (las misiones en las que los objetivos huyen), por lo que es relativamente fácil, especialmente en el nivel de dificultad "normal", superar las misiones al estilo gatillo fácil. De hecho, como experiencia personal las dos primeras misiones las superé cuidadosamente y con buenas puntuaciones (suponiéndolo tan exigente como Hitman2) para luego, al comprobar que da igual si "se te ve el plumero", jugar un poco más alegre y violentamente.
El elemento no-lineal del juego sigue presente, como decíamos, algo fácil de mantener dado que el objetivo de las fases será siempre eliminar a uno o varios señores y eventualmente recoger un item como una estatuilla o una bomba. De este modo existen numerosas formas de acabar con el infeliz de turno aparte de la clásica de la pistola, habitualmente relacionadas con el envenenamiento de su comida o bebida previa recogida de los items necesarios, y casi siempre usando (y abusando) de la capacidad para disfrazarnos con las ropas de los enemigos para pasar desapercibidos.