Algunos juegos de DSiWare, el sistema de distribución digital para Nintendo DSi y DSi XL, no serán compatibles con Nintendo 3DS. La actual consola portátil permitirá, con la actualización de la semana que viene, comprar juegos de DSiWare, pero también transferir las compras que ya se hayan hecho en la consola antigua a la nueva.
Nintendo no ha dado las razones técnicas por las que estos juegos no son compatibles con la nueva portátil, pero sí ha detallado cuáles darán problemas a los jugadores.
La lista completa es la siguiente: