El nuevo planeta se llama "Aether" y está infectado por el impacto de un meteorito de Phazon que ha provocado un cruce entre dos dimensiones: la de la luz, y la de las sombras, dos mundos paralelos entre los que Samus podrá alternar estratégicamente. Visto lo visto, está claro que el juego es una secuela directa del Metroid Prime original, así que parece ser que habrá que acostumbrarse al nombre Metroid Prime 2: Echoes.
Samus deberá alternar entre ambas dimensiones, teniendo en cuenta que la atmósfera del mundo oscuro es tóxico y que deberá jugar con dos tipos de armas: las de luz, que afectan a los enemigos de las sombras, y las de las sombras, que afectan a los enemigos de la luz. Además, en esta ocasión, las armas estarán limitadas y Samus deberá recoger munición según destruye a sus enemigos.
En el juego aparecerá Dark Samus, la némesis de la cazarrecompensas, una idea que ya estuvo presente en Metroid Fusion para GBA, si bien las situaciones en esta ocasión serán muy diferentes.
Samus contará con nuevos poderes, y el regreso de un clásico: el screw attack.
