Los jugadores que tengan una partida en la memoria de su consola de Metroid Prime 3: Corruption no podrán usar sus datos en Metroid Prime Trilogy, el recopilatorio que incluye, en un único disco, las tres entregas de la saga (dos de GameCube, y la última, de Wii).
Mike Wikan, diseñadors en jefe de Retro Studios, ha confirmado a IGN que "debibod al modo en que se guardan los datos en producción y los cambios que hemos hecho en el código del juego, desgraciadamente no hemos podido conseguir la compatibilidad del archivo de guardado."
Metroid Prime Trilogy se lanzará en Europa el 4 de septiembre, e incluirá novedades como la adaptación de los dos primeros juegos al sistema de control de Wii, soporte para pantalla panorámica, y diversos cambios para mejorar la experiencia de juego, entre otras modificaciones.
