El juego cuenta con 5 finales que dependen de la barra de afinidad con Helena, dependiendo de que nivel tengamos en dicha barra accederemos a un final u a otro, no todos ocurren en el mismo momento. Por ejemplo el Final S A B tienen lugar en lo alto de la Columna, pero dependiendo de a que final podamos acceder según nuestro nivel de la barra de afinidad, no solo cambiará el final sino también la introducción y los diálogos del combate final, en la segunda vuelta es muy sencillo conseguir verlos todos si hicimos un buen rango al completarlo por primera vez, ya que si tenemos un nivel S de primeras bajar la barra será muy fácil(ver observatotio, Helena) mientras que si no hicimos buen rango subirla nos costará bastante más.
Recomendado ver todos los finales ya que no lleva demasiado tiempo completarlos, insistimos lo mejor es ir de S a D porque bajar la barra es mucho mas fácil que subirla.
Podriamos decir que hay un sexto final si dejamos que termine el tiempo y Helena se convierta en Monstruo.
Final S : Tendremos que tener la barra casi completa entre los niveles 8 y 10, tiene lugar tras el enfrentamiento contra el Proyecto Zero o Zeron tras derrotarla en lo alto de La Columna.
Final A : Barra de afinidad entre 6 y 8, tras derrotar al Proyecto Zero en lo alto de La Columna
Final B : Entre los niveles 4 a 6 tras derrotar al Proyecto Zero en lo alto de La Columna
Final C : Lo conseguiremos entre los niveles 2 a 4 tras derrotar al Proyecto Zero en el Patio del Observatorio
Final D : Nos lo darán teniendo la barra de afinidad al mínimo tras entregar a Helena el 9º trozo de carne de Amo, por ahí dicen que es tras darle el trozo de la torre 9, pero no es al darle el 9º trozo de carne de Amo no tiene por que ser exactamente el de la 9.