Juega con la forma Kyubi o Demon de algunos personajes
Para jugar con las formas más poderosas de algunos de los personajes del juego (Kyubi o Demon), primero desbloquea todos los personajes del juego (incluyendo al cuarto Hokage). Luego, en la pantalla de selección de personaje, mantén presionado R1 y aprieta luego círculo para seleccionar al personaje que desees.
Personajes desbloqueables desde una partida salvada de Narut
| Desbloqueables | Requisitos |
| Gaara (versión antigua) | En el Modo Héroe, vence a Gaara en su versión Shukaku con Naruto. |
| Chio | Completa el Modo Master. |
| Didara | Véncela en el Modo Master. |
| Itachi | Completa el Modo Master. |
| Kisame | Véncela en el Modo Master. |
| Sasori | Véncela en el Modo Master. |
| Yellow Flash | Completa todas las piezas de memoria en el Modo Master para luego jugar y completar el Modo Héroe. |
| Godaime Hokage (Tsunade) | En el Modo Héroe, desbloquea la escena donde ataca a Orochimaru. |
| Haku | Véncele en el Modo Héroe. |
| Jiraiya | En el Modo Héroe, desbloquea la escena donde Naruto proteje a Tsunade de Kabuto. |
| Kabuto | En el Modo Héroe, véncele usando a Naruto. |
| Kankurou (versión antigua) | En el Mod Héroe, desbloquea la escena de su lucha contra Shino durante la invasión de Konoha. |
| Nidaime Hokage | En el Modo Héroe, desbloquea la escena del funeral de Sandaime. |
| Orochimaru | Jugando en el Modo Héroe, consíguelo después de vencerlo con Naruto. |
| Sandaime Hokage | En el Modo Héroe, vence a Orochimaru usándole durante la invasión de Konoha. |
| Shizune | En el Modo Héroe, desbloquea la escena donde Tsunade ataca a Orochimaru. |
| Temari (versión antigua) | En el Mod Héroe, desbloquea la escena de su lucha contra Shikamaru durante los Exámenes Chuunin. |
| Zabuza | Véncele en el Modo Héroe. |
Consigue 100.000 Yen al comenzar un nuevo juego
Para conseguir 100.000 yens cuando comiences un nuevo juego, comienza un juego con una partida salvada de Naruto Ninja Heroes 3 en tu tarjeta de memoria.
Personajes desbloqueables desde una partida salvada de Narut
Si tienes una partida salvada de Naruto Ninja Heroes 3 en tu tarjeta de memoria, podrás desbloquear algunos personajes del juego, pero no todos. Para desbloquear los restantes, cumple los requisitos siguientes.
| Desbloqueables | Requisitos |
| Chiyo | Completa el Modo RPG. |
| Deidara | Véncele en el Modo RPG. |
| Itachi | Completa el Modo RPG. |
| Kisame | Véncele en el Modo RPG. |
| Sasori | Véncele en el Modo RPG. |
| Yondaime | Completa el Modo Héroe. |
