Nintendo siempre ha apostado por la conectividad entre sus juegos de GameCube y Game Boy Advance, y tal y como se anunció hace unos meses, Metroid Prime y Metroid Fusion (GCN y GBA respectivamente) podrán interconectarse, para desbloquear nuevas funciones en ambos juegos.
Estas nuevas funciones se han concretado por fin, y son las siguientes: Completando Metroid Prime y conectando el juego con Metroid Fusion en la GBA, se podrá utilizar el traje de Metroid Fusion en la aventura de Metroid Prime. Completando Metroid Fusion, se desbloqueará el Metroid original de NES en Metroid Prime, que usará la tarjeta de memoria para guardar las partidas, en vez del tradicional sistema de Passwords.