En un movimiento con pocos precedentes en el país del sol naciente, Sega ha anunciado que censurará ciertas escenas de Skies of Arcadia para GameCube por causa del nuevo sistema de clasificación por edades en Japón, que responde al nombre de CERO (Computer Entertainment Rating Organization).
Overworks eliminará las escenas en las que los personajes salen bebiendo y/o fumando, y los diálogos de contenido "inadecuado", con el objetivo de que el juego sea "para mayores de 12" en vez de "para mayores de 16", como sería incluyendo esas escenas.