Lost Sanctum
Lost Sanctum es una de las mazmorras nuevas añadidas a la versión del juego para Nintendo DS. Para desbloquearla, debes de desbloquear previamente la Profecía Oscura en el año 12.000 A. C. El Lost Sanctum aparecerá en el año 65.000 A. C, y en algunos lugares en el 600 D. C.
Nueva mazmorra: Vértice Dimensional
Esta nueva mazmorra tiene tres partes, y sólo puede ser desbloqueada si completas todo el juego venciendo a Lavos.
Finales del juego
| Finales | Requisitos |
| Final 1: "Beyond Time" | Vence a Lavos depués de revivir a Chrono en Death Peak |
| Final 2: "Reunion" | Vence a Lavos con Chrono muerto |
| Final 3: "The Dream Project" | Vence a Lavos en el Ocean Palace o inmediatamente después de comenzar un New Game+ |
| Final 4: "The Successor of Guardia" | Vence a Lavos después de salvar a Leene y Marle, pero antes de visitar el Fin de los Tiempos |
| Final 5. "Good Night" | Vence a Lavos después de visitar el Fin de los Tiempos, pero antes de volver a la Edad Media |
| Final 6: "The Legendary Hero" | Vence a Lavos después de llegar a la Edad Media, pero antes de obtener la Insignia de Héroe |
| Final 7: "The Unknown Past" | Vence a Lavos después de obtener la Insignia de Héroe, pero antes de que la llave de la Puerta sea robada |
| Final 8: "People of the times" | Vence a Lavos después de recuperar la llave de la Puerta, pero antes de dar el Masamune a Frog |
| Final 9: "The Oath" | Vence a Lavos después de dar el Masamune a Frog, pero antes de luchar contra Magus |
| Final 10: "Dino Age" | Vence a Lavos después de enfrentarte a Magus, pero antes de enfrentarte a Azala |
| Final 11: "What the Prophet Seeks" | Vence a Lavos después de enfrentarte a Azala, pero antes de que Schala abra la puerta sellada |
| Final 12: "Memory Lane" | Vence a Lavos después de que Schala abra la puerta sellada, pero antes de devolver la luz al colgante |
| Final 13. "Dream's Epilogue" | Vence al Devorador de Sueños después del Eclipse del Tiempo |
New Game+
Para desbloquear esta nueva modalidad de juego, vence a Lavos y obtén cualquiera de los doce finales originales.
Secretos
Cápsulas de fuerza infinitas
Cuando estés en la Profecía Oscura, pasarás cerca de una Blubber Hulk (que, al principio, parece un tornado sobre la tierra). Acércate a ella, y haz que Ayla utilice Charm para que te dé una cápsula de fuerza. Sal de la pantalla y vuelve de nuevo a través de la misma puerta por la que entraste. Repite las veces que quieras.
Protección infinita
Ves al Bosque Guardia en el año 600 D. C. Una vez en su interior, coge la primera a la derecha y sube por el camino situado en el extremo superior. Mientras estás en un pequeño claro, verás un arbusto arriba a la izquierda. Acércate al arbusto y éste se empezará a mover. Aprieta A y un monstruo aparecerá ante tus narices, dejando una Protección y huyendo a toda prisa. Coge la Protección, para luego abandonar el bosque. Vuelva a entrar de nuevo en él y repite todo el proceso todas las veces que quieras.
