Sombras de Guerra continúa allá donde lo dejó Sombras de Mordor. Si en el primer juego conocíamos a Talion y éste forjaba una curiosa alianza con el fallecido elfo Celebrimbor, autor de los anillos de poder junto con Sauron, en esta segunda parte la alianza de éstos se mantiene con un tercer personaje en juego: Ella-Laraña.
La historia no es canon
Si la historia del primero nos contaba una guerra oculta en Mordor sin consecuencias en el devenir de los acontecimientos y la historia conocida de la Tierra Media, esta segunda parte definitivamente no es canon. Nos cuentan cómo Talion y Celebrimbor deciden forjar un nuevo anillo de poder en el Monte del Destino pero, al terminarlo, un Celebrimbor exhausto es capturado por Ella-Laraña (Shelob en inglés).
Este personaje, que aparece en El Señor de los Anillos y está a punto de matar a Frodo, es según el canon de Tolkien una araña gigante relacionada con Ungoliant, del Silmarillion. En Sombras de Guerra también lo es, pero se presenta como un ser capaz de adoptar una forma femenina, y con una especie de rivalidad/resquemor hacia Sauron, el señor oscuro.
Ella-Laraña hace un trato con Talion: la vida de Celebrimbor a cambio del anillo que acaban de forjar. Antes de despedirse, Ella le transmite una visión a Talion: la ciudad de Minas Ithil está a punto de caer.
Esto en realidad va contra el canon de Tolkien, ya que el juego está ambientado en el año 2951 de la Tercera Edad, y según la cronología de El Señor de los Anillos, la ciudad Minas Ithil cae cientos de años antes y es desde entonces llamada Minas Morgul. Cambiando este aspecto de la historia de la Tierra Media los desarrolladores de Monolith le dan un nuevo propósito a Talion (salvar Minas Ithil y conseguir el Palantir) y comienza una historia que se desarrolla por escenarios más variados y concretos de la mitología del Señor de los Anillos.