Nintendo ha informado de que la versión británica, alemana y española de Super Paper Mario tiene un fallo de programación que en una situación muy concreta puede producir el cuelgue del juego. Esto no afecta al videojuego, ni al hardware de la consola. Parece que no afecta a todas las unidades comercializadas.
Este fallo se da al principio del capítulo 2-2, donde nos encontramos con el personaje llamado Mimi. Nos dirá que vayamos a la habitación más alejada del primer piso para encontrar a un personaje llamado Merlí, teniendo que entrar en la habitación y pulsando el interruptor verde, lo activa una trampa en la que baja el techo con pinchos, obligándonos a pasar a 3D para para evitar ser aplastados y coger una llave. Si el jugador hace esto, no hay ningún problema.
Sin embargo, si el jugador logra salir sin coger la llave y habla de nuevo con Mimi, se producirá el cuelgue de la consola, obligando a reiniciar el sistema.
Nintendo ha expresado su disculpas por este error y los inconvenientes que pueda causar. La compañía ofrece la posibilidad de sustituir el disco de juego de Super Paper Mario con una nueva versión sin fallos de forma totalmente gratuita, lo que anunciará a través de su página web oficial en un futuro próximo.
