Alien: Isolation suma más modos de dificultad a través de una nueva actualización gratuita. Se trata de los modos Nightmare ("pesadilla") y Novice ("novato").
Por supuesto, el primero apuesta por una mayor dificultad. El jugador tendrá un detector de movimientos estropeado que a veces da información imprecisa o errónea. Los recursos son limitados e incluso no será posible descargar información de lso terminales. Los combates serán más duros y el alien, además, ha aprendido más estrategias y es mucho más terrible, con una inteligencia artificial mejorada, más hostilidad, velocidad y fuerza. Todo esto se complementa eliminando la interfaz para que el usuario no pueda saber a ciencia cierta cuánta munición le queda, cuál es la carga de la linterna, etc.
El modo para novatos lo hace todo más fácil. Se recibe menos daño y se ha reducido la agresividad del alien que, además, cuenta con una inteligencia artificial más lenta y menos adaptable.
