Hasta la fecha, casi ningún juego online se ha librado de un parche o una nueva versión, y Phantasy Star Online Episode 1 & 2 para GameCube no será la excepción que confirme la regla. Como ya se había anunciado hace semanas, en el mes de Diciembre Sega lanzará una versión 1.1 del juego, que pasará a reemplazar a la original en las tiendas.
Los usuarios del juego online no se quedarán colgados, sin embargo. Los poseedores de una "hunter's licence" (es decir, los usuarios que estén suscritos), mandando su copia original a Sega, recibirán de vuelta la nueva versión, que corrige diversos bugs en el juego, como ciertos problemas para usar el adaptador de banda ancha de la consola. Sin embargo, parece ser que el cambio a la nueva versión no estará exento de "traumas". Al parecer, como ésta incluye cambios en la gestión de items (con el objetivo de impedir las trampas), los usuarios mantendrán a su personaje pero perderán los items que éste poseyera. La nueva versión funcionará en un servidor nuevo, por lo que no habrá interacción con los usuarios que aún queden de la vieja. Esta será, según parece, la versión que llegará a Europa.