En la revista oficial de Nintendo UK, se han dado detalles sobre el argumento de Metroid Prime. Según comenta dicha revista, Metroid Prime no será una precuela como anteriormente se decía, sino que su historia seguirá la línea temporal de la saga y nos trasladará a los acontecimientos posteriores al Super Metroid.
Cabe recordar que en este último capítulo el planeta Zebes es totalmente destruido, y es ahí donde se remonta la historia, en uno de los fragmentos del planeta, en el que, misteriosamente, ha aparecido un Metroid. Este meteoro se estrella con el planeta Taron, donde supuestamente tendrá que ir Samus a acabar de una vez y para siempre con las criaturas.
En la revista también se menciona que gracias al mando de GCN el control de Samus y de sus armas será extremadamente sencillo. De igual forma se menciona que gracias al visor de la famosa caza recompensas podremos encontrar información detallada sobre los enemigos que habitan tan inhóspito planeta, así como resolver puzzles y desbloquear areas secretos. Os seguiremos informando.