Namco Bandai lanzará dos versiones especiales de Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 3 en Europa. En el mercado británico cada una de ellas se venderá exclusivamente en una cadena de tiendas, pero no se ha detallado el modelo de venta que se seguirá en otros países como España.
Las ediciones son Will of Fire Edition (que se venderá en Reino Unido mediante Amazon) y True Despair Edition(estará en Zavvi), ambas para Xbox 360 y PlayStation 3.
La edición Will of Fire incluirá el juego, una figura de 16 centímetros de Naruto, un póster de dos caras, el traje descargable de Son Goku (Dragon Ball), una carta coleccionable y la banda sonora del juego.
La edición True Despair incluirá el juego, una figura de 16 centímetros de Sasuke, un póster de dos caras, el traje descargable de Son Goku (Dragon Ball), una carta coleccionable y la banda sonora del juego.