Aunque durante los últimos meses se había dicho lo contrario, Yuji Naka, en una entrevista reciente a la revista Famitsu, ha declarado que finalmente las versiones GameCube y Dreamcast de Phantasy Star Online no serán compatibles.
La versión GCN del juego estará basada en la Version 2 de Dreamcast, y además de proporcionar la opción de juego online tendrá también un modo para varios jugadores mediante el uso del split-screen. Naka no ha explicado por qué esta característica no estará en la versión final, y también ha anunciado otra mala noticia para los aficionados al juego: No se podrán traspasar los personajes de las versiones DC a la versión GCN.
