La base del Sector Zero de la Federación Galáctica está siendo atacada por los Piratas Espaciales. Samus Aran debe reiniciar el generador que permita restaurara el sistema de defensa, pero una temible amenaza la espera al final de su camino.
Con esa premisa se iniciará Metroid Prime 3: Corruption, la tercera entrega de la subsaga Prime desarrollada por Retro Studios. En el juego controlaremos a Samus en primera persona usando tanto el mando de Wii como la extensión nunchaku. De este modo, apuntaremos con el mando remoto con gran precisión, permitiendo una inmersión en los juegos de acción en primera persona como nunca antes.
Samus usará muchos poderes clásicos, como la morfosfera o el Grapple Beam, pero su arsenal se llenará de nuevas armas con posibilidades nunca vistas que la ayudarán a superar los retos que se presentarán. Entre ellos, Dark Samus, quien pretende contaminar con los Piratas Espaciales tantos planetas como pueda con semillas de Phazon, y múltiples cazarrecompensas.
Será neceasario en el juego enfrentarse también a las semillas de Phazon que corrompen los mundos, pero eso no será suficiente, pues el objetivo último será dar caza a la propia Dark Samus.