Nintendo ha presentado con motivo del E3 Super Paper Mario para GameCube, un nuevo juego de plataformas en dos y tres dimensiones con elementos de acción y rol desarrollado por Intelligent Systems. En esta nueva aventura, Mario tendrá que saltar entre dos dimensiones resolviendo puzles, evitando trampas, y consiguiendo objetos que le puedan ayudar a resolver el misterio que se le presentará. Sin embargo, en esta ocasión el fontanero de Nintendo no combatirá en solitario, sino que Peach y Bowser también serán protagonistas de la aventura, aunque los tres personajes no actuarán de manera simultanea.
Super Paper Mario será lanzado en el último cuarto de 2006.