Square Enix ha confirmado que Dragon Quest Builders II se sitúa cronológicamente tras los hechos del clásico Dragon Quest II. En ese juego, el dios de la destrucción Malroth es derrotado, así com Hargon, quien quería traerlo de nuevo al mundo para que arrasara con todo.
Sin embargo, los seguidores de Hargon fundaron una religión y su intención es erradicar a los constructores para causar el fin al mundo. La Orden de Hargon busca destruir ciudades y castillos por todo el mundo y fue ganando poder poco a poco, hasta imponerse.
El protagonista de Dragon Quest Builders II fue capturado y hecho prisionero. A partir de aquí empezará la aventura del juego, donde conoceremos también a un joven llamado, curiosamente, Malroth.
