Podría haber una continuación de Cave Story en el futuro, según las últimas especulaciones surgidas a raíz de una reciente presentación de Nicalis, la compañía que ha adaptado y publicado el juego en consolas a partir del original desarrollado por Daisuke Amaya para PC.
Tyrone Rodriguez, cofundador de Nicalis, realizó una presentación en PAX South, evento de videojuegos que tiene lugar durante este fin de semana en San Antonio (Texas). Según los aficionados asistentes, en el escritorio de su ordenador había un icono de un acceso directo con el texto "Cave Story 2".
Los aficionados preguntaron a Rodriguez sobre el icono, a lo que él respondió que "no se había percatado" de la presencia de se icono. Cuando se le preguntó directamente si había o no una continuación de Cave Story en marcha la respuesta que dio fue "quizá sí, quizá no".