Pikmin 3 ha recibido una nueva actualización gratuita que introduce más opciones de control para este título de Wii U.
Con la nueva actualización ya disponible, a los sistemas de control introducidos originalmente en el título que se basaban en el uso del mando GamePad (el mando con pantalla), el Wii U Pro Controller o el mando remoto de Wii, se incluye una variante para el GamePad.
Al control tradicional de botones que se había ofrecido hasta ahora, se suma ahora un control que permite mover a los pikmins usando el stylus sobre la pantalla táctil.
Las opciones de control se encuentran en el menú de opciones principal del juego. La consola Wii U descargará esta actualización la próxima vez que se conecte a internet y la instalará cuando el usuario vaya a empezar una partida con el juego.